Magatama pojawiły się w Japonii już w czasach prehistorycznych.
W okresie Kofun zaczęły być wykorzystywane
w praktykach religijnych shinto oraz szamanizmu.
Mitologia japońska głosi, że Izanagi (jeden ze stworców świata)
oddał całą swoją siłę i władzę nad światem
swojej córce, bogini słońca, Ama-terasu,
w momencie kiedy włożył swoją duszę do Magatama i przekazał jej koralik.
Tak właśnie nastąpiło pierwsze przekazanie władzy i rządów nad Japonią.
Ceremonia ta nadal odbywa się w podobny sposób:
od Amaterasu jej potomków, aż do obecnego cesarza.
Symbolem władzy są „trzy święte skarby”,
a jednym z nich są klejnoty Magatama.